Экосистема способствует. Многие БД вышли из научных проектов или были экспериментальными. В среде computer science из не-нативных языков джава достаточно популярен.
Не знаю, что причина а что - следствие, но могу сказать, что в джаве есть такое:
https://github.com/tinkerpop , а в дотнете я такого не припомню.
Собственно, а что вы получите, узнав, почему графовые БД написаны на Джаве? Вам как-то легче станет? Или реальный вопрос все-таки в другом?