Дамп будет быстрее, но базу придётся останавливать.
Движок может задаваться для каждой таблицы отдельно, вживую меняется так:
ALTER TABLE table_name ENGINE=InnoDB;
. Это тяжёлая операция, база по сути подвиснет на некоторое время. Этот негативный эффект можно сильно уменьшить, используя
pt-online-schema-change - она создаёт новую таблицу в нужной структурой, создаёт триггеря для вставки информации в новую таблицу при изменении старой, постепенно переносит данные и переименовывает таблицу одной транзакцией, время в залоченном состоянии минимально.