Там проблема в том, что при 3d анимации браузер начинает задействовать gpu. От этого происходит дерганье. Чтобы этого избежать, надо заранее применить к этому элементу трансформацию, чтобы при загрузке страницы он уже был отрендерен через gpu и этот переход не происходил во время начала анимации и конца. Можно сделать это например через свойство transform: translateZ(0); которое должно стоять у элемента, который мы собираемся трансформировать в будущем.