nginx -s
узнаёт PID-файл нужного процесса из дирекривы pid в конфиге. Если она не задана - будет использоваться nginx.pid в каталоге, заданное при сборке. Соответственно, надо указать правильный конфиг-файл:nginx -c /etc/nginx-first/nginx.conf -s reload