Правильно я понимаю, если приложение запросит доступ к моим сообщениям, оно сможет видеть все сообщения?
Не важно через приложение или через assens_token, в общем через любой метод авторизации.. ?
Нет, не любой метод авторизации подойдет.
Только при авторизации в Desktop(Standalone)-приложениях генерируется токен, который дает возможность приложению использовать расширенные методы VK API.