<div id="comment">
<p>Всем привет. Вот крутой сайт <a href="">site.ru</a> </p>
<p>Тут еще картинки на этом сайте <a href="">Вот</a></p>
</div>
var div = document.getElementById('comment');
var link = document.links;
if(div.getElementsByTagName("a")) {
for(var i = 0; i < link.length; i++ )
link[i].setAttribute("rel", "nofollow");
}