Если с настройкой самого L2TP всё решили, то вам нужно прописать маршрут до необходимых ресурсов через этот туннель. Мелкомягкие, как известно, следуют заветам Ленина и "Идут своим путём", поэтому настройка маршрутов на винде - дело нетривиальное. В зависимости от версии настройки могут отличаться, но общий смысл уловите. Пишу на примере вин10, что есть под рукой.
Центр управления сетями и общим доступом - изменить параметры адаптера - ваше л2тп правой кнопкой - свойства - вкладка "сеть" - IP версии 4 - свойства. Далее кнопка "Доп. параметры" или как-то так (у меня винда английская, просто Advanced) - и убираем галочку "Use default gateway". Станет активна вторая галочка: не добавлять маршрут на основе классов. Её ставим и переподключаемся.
Надеюсь, микротику в PPP профиле задан статический ip, предположим, 10.0.0.1.
Тогда в винде вам нужно прописать маршрут, предварительно узнав номер интерфейса л2тп. Это делается командой route print и в самом начале вывода увидите интерфейсы с их автоматически присвоенными номерами в начале строки. Найдите номер л2тп подключения, он нужен, у меня он был 26.
После чего добавьте маршруты к нужным ресурсам следующим образом:
route -p add 1.2.3.4 10.0.0.1 IF 26
Без указания интерфейса маршруты не работают, по-крайней мере, у меня не получилось их заставить работать иначе. И ещё: точно работает с конкретными ip-адресами, но за подсеть говорить не буду, по-моему, были какие-то сложности. Если нужен бродкастовый домен - используйте OpenVPN. Просто и секьюрно. Единственный недостаток - нужно устанавливать стороннее ПО.