есть php скрипт который в зависимости от авторизованного пользователя выглядит оп разному
Это как выгляди физически?
Результат работы скрипта - да, выглядит по-разному для каждого пользователя.
Так байт-код кеш не его кеширует, а сами алгоритмы генерации страницы.
Грубо говоря экономится время на парсинг файла, построение дерева операций, вычисление выражений, состоящих из констант и тд.