Не совсем понимаю логику - мне нужно сначала в базе получить список файлов, а потом уже посчитать. Получается пишем файлы в txt, а далее батником по ним прогоняем?
Можете привести какой то пример подобного скрипта?
Сначала батником выдергиваем список файлов из базы, расчитываем хэши по списку, хэши сохраняем в базе. Все в батнике.
Готового примера не приведу.
Найдите подходящую утилиту ком.строки для расчета хэшей, с базой работать можно через isql, osql, cmdsql - утилиты ставятся в комплекте с инструментами MS SQL.
Если будут сложности - пишите новые вопросы на тостер.