Я думаю тут подойдет вариант Avito )
Сначала выделяем самые крупные и важные города и регионы

Внутри региона - крупные города этого региона и ссылка на все остальные города (и деревни)

Ну и все остальные города. Если актуально, присмотритесь к циферкам, но не давайте им никакого акцента. Если же в среднем в одном городе пара офисов, то цифры показывать не стоит. Но по регионам, например, показывать )