Вообще CMake-файлы пишутся руками. Генерируются потом проекты/билд-файлы для конкретных тулчейнов. Возможно есть какие-либо конвертеры в CMakeLists.txt, но я не уверен, что они дадут вам хороший результат. Если проектом заниматься собираетесь серьезно, лучше самому разобраться.
Да, для CLion наличие CMakeLists критично, эта IDE очень тесно интегрирована с CMake и в этом одна из ее киллер-фич. Поэтому, если нет возможности/желания/времени переводить проект на CMake (или вы просто не можете на это повлиять), то либо сами пишите CMake-скрипты лично для себя, либо пользуйтесь другой IDE/редактором. Более конкретные советы сложно дать, не зная проекта и задач, которые вы собираетесь в нем решать.
