Подозреваю, что речь идет о "гостях" сайта, т.е. не авторизованных пользователях? Тогда после показа сообщения пишите "неустаревающую" куку (ну на 1 год, например) или храните состояние "показано/непоказано" в localstorage (для относительно современных браузеров).