Или см. понятие "обмен данными" в 1С - универсально, но на мой взгляд уж очень глобально. Позволяет регистрировать изменения и скидывать в одном файле только произошедшие с предыдущего обмена изменения.
Или навешивать на ключевые операции в 1С дополнительный функционал (например, через подписки, не обязательно код 1С корежить). Это достаточно просто. Не думаю, что вам нужно действительно "на каждую операцию", речь наверняка идет не более чем о десятке-другом операций в 1С.