Все просто. site.ru - это домен. www.site.ru - это поддомен, или домен третьего уровня. Поддоменов может быть сколько угодно, но www указывает, что этот домен - основной (как раз и есть world wide web). То есть все, что мы видим, заходя на site.ru - должно быть на поддомене www, в отличии от domain1.site.ru, например. Это как бы уже другой сайт. Это анахронизм для юзеров, которые до сих пор вводят www, ибо все браузеры редиректят на него автоматически, в случае, если его опустить.