Vsftpd не удаляет каталоги, оставляет их пустыми, файлы удаляет (debian 8)
/etc/vsftpd.conf
listen=YES
anonymous_enable=NO
local_enable=YES
write_enable=YES
pasv_min_port=50000
pasv_max_port=60000
dirmessage_enable=YES
xferlog_enable=YES
file_open_mode=0644
local_umask=022
connect_from_port_20=YES
ascii_upload_enable=YES
ascii_download_enable=YES
ftpd_banner=Welcome to our FTP service.
chroot_local_user=YES
allow_writeable_chroot=YES
secure_chroot_dir=/var/run/vsftpd
pam_service_name=vsftpd
rsa_cert_file=/etc/ssl/certs/vsftpd.pem