Не применяются — запускаете exe, скопированный, скажем, из папки Windows на рабочий стол и он проходит?
Включено ли Enforcement (All Software files) в Security Settings -> Software Restriction Policies? Потом внутри Software Restriction Policies должна быть ветка Security Levels, параметр Disallowed должен быть Set As Default. Должно работать…