Если файлов 1 и 2 нет в вашей ветке, а есть только в feature:
$ git checkout feature -- feature-1.cpp feature-2.cpp
$ git add --all
$ git commit -m "Merge some files from feature"
Если нет, и нужен честный мёрдж файлов, тогда создаёте ветку feature-v2 на базе feature, удаляете там ненужные файлы и мерджите основную ветку с feature-v2.