Как написано на оф. сайте Backbone "Mimics of the Underscore and jQuery APIs, such as Lo-Dash and Zepto, will also tend to work, with varying degrees of compatibility.", т. е. 100% совместимость не гарантируется, но на практике вряд ли будут какие-то проблемы. Я сам использую Backbone + LoDash.