D3.js
Сложновато ( нужно в фреймворке разбираться + всяческих алгебраических и геометрических формулах )
Просто я не профи в JS.
нет времени неделю сидеть разбираться )
Все, Вроде бы нашел: http://js.cytoscape.org/
http://jsbin.com/gist/aedff159b0df05ccfaa5?js,console,output
Стрелки ставятся через { source: 'cat', target: 'bird' }
простой вариант, то что нужно.
если кому инетерсно...
Если у кого-нибудь есть что-то попроще этого, не откажусь)