Указывайте id родительского комментария в parent_id.
Если комментарий находится на верхнем уровне, задаёте ему parent_id = 0, если он является комментарием к комментарию с id = 257, значит - parent_id = 257.
а что конкретно не понятно? parent_id вы уже добавили, записывайте просто туда id вышестоящего коммента.
если бы комментов у постов были тысячи и вы бы их загружали не все сразу, то было бы опрадванно использовать например nested sets.
но в вашем случае проще доставать комменты по target_id и уже в php построить дерево и вывести (рекурсия).
сложности будут только если есть пагинация комментов.
