Не знаю, может есть какая то специфика у wordpress multisite.
Варианты:
1. nginx
…
server {
server_name site1.xxx.ru;
…
location =robots.txt {
root /var/www/site1/;
}
…
2. apache
алиасы или реврайты, надо попробовать
3. Скрипт вместо robots.txt, которы будет отдавать то чтно нужно — кому нужно