Нашел проблему:
Вот код, который генерирует MONO после создания проекта
Gtk.Application.Init ();
MainWindow win = new MainWindow ();
win.Show ();
Gtk.Application.Run ();
Фишка в том, что вызов метода win.Show (); здесь абсолютно не нужен, т.к. в конструкторе MainWindow он уже содержиться, получается вызывается он 2 раза, а парсил стили я именно перед win.Show (); когда по идее окно уже открылось(из конструктора) поэтому они и не применялись, перекинул все это дело в конструктор, все заработало!)