К примеру, есть вот такой service файл:
[Unit]
Description=App name
After=syslog.target
[Service]
WorkingDirectory=/home/user/app
ExecStart=/home/user/app/app
Restart=always
StandardOutput=syslog
StandardError=syslog
SyslogIdentifier=app-name
User=user
Group=user
LimitNOFILE=infinity
[Install]
WantedBy=multi-user.target
Исполняемый файл: 
/home/user/app/app
Сейчас система не разрешит перезаписать файл, пока процесс запущен.
Нужно делать 
systemctl stop, 
systemctl start.
Возможно сделать конфигурацию, которая позволит заменять исполняемый файл и потом делать 
systemctl restart?