Конечно, ссылки ведут на основный url, если вы хотите чтобы работал и на том домене и на том, то в настройках cms -> мультисайт (
www.opencart.com/index.php?route=feature/feature&p...
Можно сделать подмену, при заходе на domen-1 переключение в domen-2, это проще. В основной директории на хостинге есть .htaccess туда вносите следующее:
# HTTP Rule
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.domen-1\.ru
RewriteRule ^(.*)$ http://domen-2/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^www.domen-2\.ru
RewriteRule ^(.*)$ http://domen-2/$1 [R=301,L]
RewriteCond %{HTTP_HOST} ^domen-1\.ru
RewriteRule ^(.*)$ http://domen-2.ru/$1 [R=301,L]
В моем примере учитывается разные заходы c www. или без, особенно чувствительны https адреса (если есть ssl)