Можно!
Только добавьте на сервере администрирования в политике Агент Администрирования Kaspersky Security Center (в корневой группе), во вкладке "сеть" в параметрах подключения следующие записи: "нахождение в сетях" подсеть одного офиса и другого, "шлюзы по умолчанию" соответственно оба шлюза, "DNS серверы", "DHCP серверы" и "DNS домены" . Тогда агент будет опрашивать обе сети и спокойно с ними работать.
Советую еще разбить по группам обе подсети, тогда легче будет ориентироваться.