$re = "/(https?:\\/\\/(?!cloud.mail.ru)[a-z0-9.]+)\\/?/i";
$str = "Есть строка\nhttp://cloud.mail.ru\nНужно исключить cloud, но оставить все другие, например\nhttp://webagent.mail.ru или http://webarchive.mail.ru";
preg_match_all($re, $str, $matches);