Стандартный ввод и вывод.
Имя файла задавать, как:
"имя_папки\\имя_файла",
то есть:
"resources\\file.txt"
(сепаратор зависит от вашей системы)
Вот ссылочка на работу с текстовыми файлами в Java SE 8.
Нас интересует пункт Working with Files.Предыдущие версии , я думаю, вы сами найдёте.