Стандартный ввод и вывод.
Имя файла задавать, как:
"имя_папки\\имя_файла", то есть: 
"resources\\file.txt"(сепаратор зависит от вашей системы)
Вот ссылочка на работу с текстовыми файлами в Java SE 8.
Нас интересует пункт Working with Files.Предыдущие версии , я думаю, вы сами найдёте.