Нужно выбрать научного руководителя,
brainick прав. У вас на кафедре есть несколько руководителей, пройдитесь по ним и порасспрашивайте, чем они занимаются (или, вы уже и так знаете, чем каждый занимается).
Вы сами выбираете направление, которое вы хотите. Но есть ограничение - как раз руководитель.
Но иногда, если у вас хорошие отношения с кафедралами, если вы уже себя зарекоммендовали, то могут пойти навстречу, и может быть (может быть!) какой-нибудь руководитель согласится взять руководство
вашей темой.
Но возможно, что лучшим решением будет - взять уже известное направление. Ваша кафедра, скорее всего, занимается чем-то конкретным (или несколькими). И вы возьмёте уже известное направление, и возьмёте какую-то часть общей кафедральной работы. Так и вам будет полегче, и результат будет постабильнее.
В общем, для начала выбирайте руководителя, идите к нему, и расскажите, чем бы вам хотелось заниматься. И руководитель предложит вам что-нибудь, и для него необходимое, и для вас подходящее.
P.S. Вы планируете ли дальше пойти в аспирантуру? тогда нужно выбирать тему магистерской так, чтобы она стала заделом аспирантской работы.