Была в точности такая же проблема, перепробовал много-много всего, в итоге мне очень помогла вот эта статья, но с некоторыми вариациями из других статеек:
www.hexblot.com/blog/recovering-innodb-tables-ibd-...
В имеющейся папке /var/lib/mysql/sitename у нас остались frm и ibd файлы.
План примерно такой:
1. Вначале воссоздаём список таблиц БД без точной структуры
(в статье создавались только таблицы-заглушки, лично я воссоздал кое-как структуры таблиц с помощью "mysqlfrm --diagnostic [tablename].frm" )
2. Восстанавливаем точную структуру таблиц
(Выключаем mysql, заменяем только .frm файлы в БД, включаем mysql с параметром innodb_force_recovery=5, извлекаем дамп с точной структурой таблиц.)
3. Переустанавливаем mysql
(запускаем теперь с параметром innodb_force_recovery=1)
4. Импортируем структуру таблиц из пункта 2
5. Восстанавливаем данные таблиц поверх структуры
(Лично я делал почти как в статье, но без дальнейшей перезагрузки mysql сервера)
А именно:
5.1) Отсоединяем ibd файл от каждой таблицы с помощью sql "alter table `[tablename]` discard tablespace;"
5.2) Копируем имеющиеся ibd файлы в БД
5.3) Присоединяем ibd файлы к каждой таблице с помощью sql "alter table `[tablename]` import tablespace;"
PhpMyAdmin в процессе сильно ругался, но БД отобразил и дал её экспортировать.