Включаете опцию в инфоблоке "Разрешить выбор основного раздела для привязки. ". Этим вы укажите главную ссылку товара для поисковиков (rel canonical). Вот и все. В шапке должен вывестись рел каноникал с той ссылкой которую вы выбрали в карточке товара.
Если же в хедере не вывелось, попробуйте в хедере дописать <?$APPLICATION->ShowLink("canonical", null, true);?>