Для начала, у вас неправильный формат даты в запросе. Если вместо стандартного типа DATE использован VARCHAR или TEXT, то поиск будет работать некорректно.
Ну а для группировки достаточно составить функцию, которая будет выдавать одинаковые значения для величин, которые надо включить в одну группу.
GROUP BY FLOOR(TIME_TO_SEC(TIMEDIFF(`start_date`, '2015-12-01'))/2/24/60/60)
Ну и, конечно, индексы при такой группировке работать не будут.