Паддинг добавляет вот эта функция из bootstrap.js. Типа добавляет к боди паддинг, равный ширине скроллбара (у меня это 17 пикселей).
Но почему он их не отнимает после этого - не совсем понятно.
Как вариант - в цсс задать жестко:
body {
padding-right: 0 !important;
Костыль конечно, но должен сработать