Выбор доступных машин в ажуре менее гибкий чем у амазона, подозреваю что и никаких фишечек вроде Spot Requests и в помине нет.
EC2 появился раньше и поэтому он как минимум лучше изучен и отестчен, по нему больше инфы и библиотек.
Полгода назад смотрел в сторону ажура, но приколы в стиле «эта функция доступна только в старой админке, которая работает только на сильверлайте» сильно отбили желание + возможность развернуть линуксовую машину появилась сравнительно недавно.
Я бы выбрал на вашем месте амазон.
