db.collection.update({ 'data.username1': {$exists: true} }, { $set: { 'data.username1': newValue }}, true)
Такой запрос должен обновить все документы где есть это поле, но т.к. запрос без индекса (и не сделать адекватный на эти данные), то будет перебор всех документов - это медленно и будет тормозить на большой коллекции.
Поэтому лучше сделать "вспомогательные данные" для массива - продублировать идентификаторы в массив:
{
"_id":"563f480fb5c2187503eefc1a"
"ownerBy":"56335521f2f4a3150349d78d",
"data":{"username1":"76561198060520554","username2":"76561198060520554"...},
"__v":0,
userList: ['username1', 'username2', 'username3']
}
И сделать индекс:
db.collection.ensureIndex({userList: 1})
Этот список userList, можно обновлять в той же команде что и данные с помощью $addToSet (и $pull для удаления из списка).