Не много не в тему вопроса, но чем вас не устраивает комбинация Ctrl+Alt+L? Встроенный реформат может работать не только в текущем файле, но и на выделенной группе файлов или папке в дереве проекта. При этом можно указать шторму, что переформатирование нужно выполнять только в тех строках, которые были изменены(еще не вошли в коммит)