Тогда все ваши модули будут инициализироваться в одном обработчике DOMContentLoaded = в одной функции = в одной области видимости = конфликты имён переменных. Чтобы избежать этого, придётся оборачивать каждый модуль в самовызывающуюся функцию, получая
$(function() {
(function() {/* module1 */})();
(function() {/* module2 */})();
(function() {/* module3 */})();
});
вместо
$(function() {/* module1 */});
$(function() {/* module2 */});
$(function() {/* module3 */});
и, собственно, чего мы добились? Это не говоря о мусоре в настройке сборщика. Убить в себе бессмысленный перфекционизм одна из важнейших составляющих для эффективного и качественного программирования.