А физически они на диске присутствуют? В настройках Хрома синхронизация включена и выполнена, или просто сделан вход в аккаунт, но синхронизация не включена или прошла с ошибкой?
Чем клон делали? Просто dd или какой-то программой, типа парагоновских утилит? Всякие хитрые "клонировщики" умеют при клонировании молча сносить всякий "мусор" за который они считают временные папки и кэши браузеров. С той организацией папок, что сейчас в Хроме, расширения могли попасть под раздачу.