В общем случае да. Потому что:
1. Концептуально. Набор тестов - часть приложения, и без него они не имеют смысла
2. Методологически. Удобство единого версионирования: меняем поведение приложение, меняет тесты в той же версии.
3. Процессно. Проще клонируя один реп автоматизировать процессы и запускать руками локально.
Исключения:
- продукт реализован в виде нескольких прототипов, например на разных языках и в разных репах. Тогда тесты не принадлежат ни к одному из них, логично их хранить отдельно.
- продукт имеет микросервисную архитектуру, и однозначно нельзя выделить какой сервис (репозиторий) является основной точкой входа для приёмочных тестов.