Чтоб сделать массив необязательно через JS, намного проще через
<input type="checkbox" name="delete_ids[]" value="<=$model-id?>" />
Тогда отправив форму вы получите массив из id которые были выбраны.
Это все отправляете разумеется методом POST, а там хватит, чтоб отработать список ID с одной страницы, которую смог прочитать человек. Ну и MySQL отдаем IN('. implode(', ', $deleteIds) .')
А вот чтоб выбрать все или отменить уже используете JS, там уже просто находите все чекбоксы и указывается checked