На сколько я знаю, там просто:
- Билдится бинарник
- Из него делается deb, rpm или другой пакет
- Пакет заливается на сервер, и устанавливается\обновляется стандартными утилитами.
Некоторые деплоят статику и другие файлы отдельно, теми же сapistrano, mina, и т.п.