Можно поменять, достаточно получить список точек маршрута из объекта route таким образом:
route.getWayPoints();
После этого можно менять опции этих точек с помощью метода
wayPoint.options.set()
Названия опций совпадают с опциями у обычного placemark. Установка собственного отображения описана в этом примере:
песочница яндекс карт