для начала найдите папку с загруженными пакетами
на ubuntu это /home/username/.config/sublime-text-3/Installed Packages
там должна лежать ваша тема
откройте архив и отредактируйте файл ИМЯ_ТЕМЫ.tmTheme
найдите строки
<dict>
<key>name</key>
<string>Comment</string>
<key>scope</key>
<string>comment</string>
<key>settings</key>
<dict>
<key>foreground</key>
<string>#808080</string>
</dict>
</dict>
ну и поменяйте цвет на нужный
потом обновите файл в архиве
PS: Sublime хранит тему по умолчанию в кеше, по этому возможно придется поменять тему на стандартную, почистить кеш, потом обратно поменять на нужную
UPD: Кеш лежит тут /home/username/.config/sublime-text-3/Cache