Если программу скомпилировать как х64, то она не будет работать на х86. Если программу скомпилировать как х32 или как AnyCPU, то по логике она запустится и на х64 и на х32, с разными компромиссами по быстродействию.
Есть еще нюансы.
Не используйте абсолютные пути для хранения данных программы. Пользуйтесь помощью .NET, который вам даст и папку для временных фалов, и папку для хранения данных приложения, и текущую папку, и папку текущего пользователя, и много другого.
Не пользуйтесь реестром для хранения настроек программы, если это возможно. В разных системах и в зависимости от разрядности системы и приложения приложению могут соответствовать разные ветки в реестре. Чтобы не разгребать эту логику, храните настройки программы в конфигурационных файлах, хранящихся в папке хранения данных приложения.
Не используйте папку, в которую установлена программа в ProgramFiles, для хранения данных. В целях безопасности доступ к этой папке по умолчанию ограничен начиная с семерки. Если вы разрешили это делать у себя, то это не значит, что это можно будет сделать у пользователя.
И самое главное: тестируйте, тестируйте, тестируйте везде, где бы вы хотели, чтобы ваша программа работала.
