Есть сайт, движок которого - wp, но он обвешан самописными плагинами и темой, которые регулярно обновляются.
Сейчас в git'e просто весь сайт(без папки upload), как правильно настроить? Что держать в git'e в таком случае?
А у вас кончилось место на диске? Залейте на BitBucket.
А по факту, часто у самописных сайтов криворуко написанные плагины имеют привязку к компонентам конкретных релизов WP, а значит независимым от версии движка ваш репозиторий уже быть не может.
Ежели это не так, то храните в нем все кастомные части, остальное можно заигнорить.
littleguga: Это отнюдь было не про конкретно ваш код. Что такое WP? Самый популярный двиг, силы на котором пробуют все, кому не лень. Оттого и проблемы, что когда глянешь на большинство творений - кошмарики)
А подход всегда такой сейчас моден - все, что вы можете установить независимо через composer, nuget, npm и прочие - в игнор. Все, что имеют наиконкретнейшую привязку к проекту - обязательно контролировать.