Придумал (в теории) пока такой костыль: на этапе сборки Gulp'ом, после преобразования .ts файлов в 1 .js файл, получить содержимое этого файла, регуляркой пройтись по нему и получить из строк вида
function blablabla(IDependencyA, IDependencyB)
IDependencyA и IDependencyB. Обязательно наличие префикса I в начале имени аргумента, переменные без префикса собирать не будем.
Все результаты собрать в массив и подсунуть его в опцию reserved uglify'ера.