Наиболее распространенными интерфейсами для работы ПК со считывателями смарт-карт являются интерфейсы : RS232, PCMCIA и USB. В давние времена под каждое устройство писался отдельный драйвер со своим набором команд для работы с устройством - что было неудобно, т.к. разводился зоопарк ридеров.
В какой-то момент люди задумались над вопросом унификации интерфейсов считывателя и смарт-карты, и была разработана спецификация PC/SC (
www.pcscworkgroup.com/) в которой описаны принципы работы со смарт-картами и устройствами чтения смарт-карт, не зависящих от производителя оборудования.
Конкретно для USB устройств чтения смарт-карт был разработан унифицированный драйвер - CCID (chip card interface device).
Отвечая на ваш вопрос: по USB шине приходит питание на ридер + команды для контроллера, который может их интерпретировать и/или транслировать нужную команду на карту. Команды для карты могут быть разного характера, например: чтение/запись/аутентификация. Набор команд обычно указан в спецификации на микрочип в карте.