Здравствуйте, %username% !
Сейчас так сделать нельзя. Возможно, в будущем появится возможность использовать сторонние аутентификаторы для генерации паролей для Яндекса, а пока есть возможность использовать Яндекс.Ключ для генерации кодов для других сервисов, использующих открытые стандарты. Так что можно не добавлять еще одно приложение, а просто заменить им другое.
О том, почему мы реализовали свою схему двухфакторной аутентификации, можно прочитать в нашей статье на Хабрахабре: habrahabr.ru/company/yandex/blog/249547 .