У меня была такая проблема (Ubuntu), на сервере создал файл /etc/network/if-up.d/iptabes с содержанием:
#!/bin/sh
iptables -t nat -A POSTROUTING -s 10.8.0.0/24 -o venet0 -j SNAT --to-source XXX
(не забыть сделать исполняемым).
Где XXX - адрес самого сервера.
А вообще можно в настройках VPN соединения указать DNS сервера, например, Google, но так как я использую VPN на разных ОС (в том числе мобильных) - решил проблему на стороне сервера.