Неужели в природе не существует софта, получающего на вход два sql-файла, и выдающего на выходе sql-код с альтерами, для модификации первого файла во второй?
Не навороченные программы, где нужно создавать проект, подключаться к БД и т.п. А примитивненькая тулза, может быть консольная. Под Windows.
Если не требуется сравнение структуры таблиц, а лишь голое сравнение бинарных данных в виде бинарного diff, то алгоритм VCDIFF предназначен для этих вещей.