Другой вариант - добавить новое поле для сортировки, например:
SELECT name, price, qt, IF (q>0,1,0) as is_present ORDER BY is_present, price;
Сортировка произойдет сначала по новой переменной, которая отделит нулевые qt, а затем внутри этих групп упорядочит по цене.